Hey, sorry, dass ich erst nun dazu komme, mal zu antworten - hatte ziemlich viel um die Ohren...
Also, ich meine mit dem Dateisystem, dass du dich nicht weiter darum kümmern musst, dass dein Linux das Dateisystem der Serveranwendung nicht verwenden kann - was ja beim ESX-Server der Fall ist: hier kannst du ja von einem anderen System aus nicht so einfach ein Datastore mounten. Das einzig Problematische ist aber, dass du dich mit den vmrun-commandos oder mit der Perl-APi beschäftigen müsstest. Ich mein', wenn du die zu sicherden Maschinen vor dem Backup kurz ausschalten kannst, ist es ja nicht das Ding. Ansonsten könnte man ja auch folgenden machen:
Alle Dateien sichern - außer natürlich die aktuelle Snapshot-Datei, die ja im Zugriff ist
Nach dem Sichern den snapshot wieder aufheben
Ich denke, dass man die Snapshot-Aktionen am Besten mit dem Vmrun-Commandos machen kann. Den rest kannst du sicher auf einfache Weise mit Bash oder perl oder sonstwie mit Linux-Mitteln bewerkstelligen.
Viel Glück